生为军医之子,皮埃尔·弗朗索瓦·佩尔西选择了子承父业。初时他在巴黎就学,1776年创建医疗服务部门时,佩尔西成为了其中的一员。6年后,即1782年,佩尔西加入了贝里(Berri)骑兵团,成为了一名军医。
革命时期,佩尔西在1792年出任北方军团顾问军医。他以军医的身份投身于革命战争中,曾在北方军团、摩泽尔军团、桑布尔-默兹军团和莱茵军团服役。在此期间,佩尔西的对手、
拉雷军医发明了一种将伤员从战场运送到医生处的救护车,但佩尔西对应该如何救助伤兵持有异议。1799年,佩尔西发明了一种“香肠”式马车,这是一种装有软垫的马车,用来将医护人员和装备送到前线,对伤员进行即时的处理。不过,相对于拉雷的发明来说,他的发明从来没有取得成功或者得到广泛的应用。更让他们势同水火的是,拉雷坚信很多时候截肢是必要举措,必须立即实施,而佩尔西却建议不要动辄进行截肢。
执政府和帝国时期,佩尔西继续在军中担任军医,同时也要求将医疗兵设为一个独立的军种。1807年,他当选为科学院院士,尔后又受封为帝国男爵。两年后,由于眼睛问题,他离开了军队,赴巴黎任教。
百日王朝期间,佩尔西支持皇帝,被任命为6月战役的首席军医。然而,在利尼之战后,佩尔西自己却病倒了,不得不离开部队。波旁王朝复辟后,佩尔西因为倒向皇帝而被强制退休。