戊辰战争全史

小苏尔特

1867年10月14日德川幕府最後的將軍第15代德川慶喜在大政奉還之後，薩摩和長門二藩集合討幕派的勢力要將慶喜視為逆賊並以武力加以討伐，但是聰明的慶喜在公議政體派的福井藩藩主松平春嶽和土佐藩藩主山內容堂的協助之下任命自己為新成立的京都政權的首相，並且慶喜不斷的挑釁薩摩的大久保利通和西鄉隆盛，因此二人決定要以武力消滅舊幕府勢力，同時於12月9日以倒幕派為中心，新政府召開了小御所會議，在會議中決定將要求德川慶喜交還官位及領地。就在這時薩摩藩鼓動浪人們在江戶市中進行放火、搶劫等游擊戰，由於薩摩的游擊戰因此住在江戶的小栗上野介等激烈派勢力襲擊了薩摩藩在江戶的薩摩藩邸，就此德川與薩摩進入了交戰狀態。這個消息傳入大阪的舊幕府軍中，激動的舊幕府軍將士紛紛表示「討伐薩摩!」，因此慶喜為了回應將士們率領了德川家旗本、會津藩和桑名藩合計15000名士兵以討伐薩摩為由朝著京都方向進軍，不過舊幕府軍的武器卻不統一而且屬於舊式裝備，另一方面京都方面的守軍以薩摩藩、長門藩為主力兵力只有五千人。
往京都進軍的舊幕府軍以總督大河內正質及副總督塚原昌義為指揮，底下分別有鳥羽方面軍及伏見方面軍。鳥羽方面軍以瀧川具知為指揮，底下配有德川出羽守指揮的1000名幕府步兵隊第一連隊、秋山下總指揮的800名幕府步兵隊第五連隊、小笠原石見守指揮的幕府步兵隊傳習隊、佐佐木只三郎指揮的400名見迴組、服部半藏指揮擁有四個中隊和砲兵隊的桑名藩軍、300名的松山藩軍、小原忠迪指揮的500名大垣藩軍以及30名的濱田藩軍。另一方面，伏見方面軍則是由陸軍奉行竹中重固為指揮，底下配有橫田伊豆守指揮的1000名幕府步兵隊第四連隊、大澤顯一郎指揮的800名幕府步兵隊第七連隊、佐久間信久指揮的900名幕府步兵隊第十一連隊、窪田鎮章指揮的幕府步兵隊第十二連隊、傳習隊、今堀越前守指揮的50名游擊隊、田中土佐指揮擁有二個炮兵隊800人的會津藩軍、土方歲三指揮的150名新選組、三宅勘解由及筧謙介指揮擁有八個小隊共300人的高松藩軍以及稻垣九朗兵衛指揮擁有二個小隊共98人的鳥羽藩軍，舊幕府軍就這樣兵分二路開始北上。
而在薩長軍方面也分為二個方向佈署，鳥羽方面由伊地知正治指揮，底下配有薩摩藩軍城下士小銃五番隊、薩摩藩軍城下士小銃六番隊、外城一番隊、外城二番隊、外城三番隊、私領二番隊以及私領一番隊一半的砲兵隊，這支部隊佈陣於鳥羽街道的小枝橋附近；伏見方面則以御香寺為中心佈陣，薩摩藩軍以吉井友實為指揮，底下配有城下士小銃一番隊、城下士小銃二番隊、城下士小銃三番隊、城下士小銃四番隊以及外城四番隊，長州藩軍則由世良修藏和林友幸為指揮，底下配備有擔任第二奇兵隊的第六中隊，另外後藤正則則率領擔任游擊隊的第二中隊。
1月3日在鳥羽方面，瀧川率軍到達小枝橋時向薩軍進行交涉希望藩摩藩能讓他們通過，不過由於交涉破裂，因此在傍晚瀧川下令開始炮擊薩軍，由於薩軍突然遭到炮擊因此一時之間陷入混亂，不過薩軍馬上就開始對舊幕府軍中的見迴組開始進行反擊，雖然見迴組以刀槍部隊使用密集隊形突擊薩軍，不過見迴組遭到薩軍的火力制壓和機動攻擊而被擊破，在重整好隊型後薩軍開始攻擊幕府步兵第一連隊，由於遭到小銃隊六番隊和外城一番隊的側面射擊，因此幕府步兵第一連隊遭到嚴重的打擊有超過半數戰死、部隊也陷入毀滅的狀態，在第一連隊被擊潰之後薩軍開始由守勢轉為攻勢開始挺進部隊迎擊舊幕府軍和桑名軍的炮擊以及傳習隊的射擊，就在雙方進行一進一退的攻防戰時擔任整武隊的長州軍第三中隊別動隊由舊幕府軍的側面開始突擊舊幕府軍，使得舊幕府軍撤退至後方陣地。在伏見方面，雙方一開始也是相互的對峙著，當鳥羽方面傳出槍聲後兩軍也開始交戰，兩軍在伏見展開了街頭戰，舊幕府軍的游擊隊、新選組、會津藩軍別選隊及槍隊開始試圖進行白兵突擊戰，不過卻被薩長軍的猛裂射擊而擊退，之後舊幕府軍架設簡易的陣地在制高點對薩長軍進行射擊，慢慢的舊幕府軍開始佔了優勢，薩長軍這時將新選組趕入伏見奉行所開始進行砲擊使得伏見奉行所陷入大火之中，在暗夜中由於薩長軍看的到舊幕府軍，可是舊幕府軍看不見薩長軍因此戰況逆轉，在伏見方面舊幕府軍也被擊退。在這天的戰鬥中雖然舊幕府軍是戰敗的一方，但是會津藩軍有擊斃了長州軍第二中隊參謀後藤正則，使得這天舊幕府軍有一定的戰果。
1月4日舊幕府軍再度以京都為目標展開進擊，於鳥羽伏見方面再度於薩長軍展開激戰。在鳥羽方面，舊幕府軍從伏見方面調來了幕府步兵第十一連隊及幕府步兵第十二連隊擔任先鋒開始攻擊薩長軍，另一方面，薩長軍也從伏見調來了城下士小銃一番隊、城下士小銃三番隊、三番游擊隊及第二奇兵隊為援軍雙方展開比前一天更為激烈的戰鬥，在這天的戰鬥中雖然幕府步兵第十一連隊隊長的佐久間信久以及第十二連隊隊長的窪田鎮章奮勇作戰一時之間壓制住薩長軍，不過在亂戰中二人卻都戰死了，因此舊幕府軍撤退到後方的富ノ森陣地，這時薩長軍順勢追擊而來，不過就在快要到達富ノ森陣地時卻被大垣藩軍和會津藩軍的伏兵襲擊，而且富ノ森陣地中的傳習隊也趁機朝薩長軍射擊，因此薩長軍暫時撤退。在伏見方面，薩長軍加入了土佐藩的援軍之後開始攻擊舊幕府軍，由於舊幕府軍遭到擊破因此舊幕府軍往淀的方向開始撤退，下午的時候薩長二藩的大久保利通及廣澤真臣策謀掛起錦旗將薩長軍稱為「官軍」、幕府軍稱為「賊軍」，在看到這錦旗時薩長軍的士氣大振、舊幕府軍的戰意大幅下降，戰況慢慢的傾向對薩長軍有利。
由於薩長土聯合軍在1月4日舉起的錦旗，因此於1月6日鳥取藩軍決定加入薩長土聯合軍攻擊舊幕府軍，而自此刻起薩長軍也改稱為新政府軍了。
1月6日在鳥羽方面，鳥羽方面軍以薩摩軍的城下士小銃三番隊‧城下士小銃五番隊‧城下士小銃六番隊‧外城二番隊‧一番砲兵隊及二番炮兵隊和長州軍第三中隊為主力沿著桂川南下攻擊舊府軍的富ノ富陣地，但是由於防守陣地的幕府步兵隊、會津軍和桑名軍奮勇作戰，因此陷入激烈的攻防戰，在激戰中薩摩軍城下士小銃六番隊隊長市來勘兵衛戰死，在經過一陣激戰之後舊幕府軍放棄富ノ森陣地後退至後方的納所陣地，攻下富ノ森陣地的新政府軍開始進攻納所陣地，舊政府軍在些微抵抗之後就渡過淀小橋往淀城開始撤退。在伏見方面，伏見方面軍以薩摩軍的城下士小銃二番隊‧城下士小銃四番隊‧城下士小銃十二番隊‧二番游擊隊‧三番游擊隊及私領二番隊、長州軍由福田俠平率領的第一中隊及石川厚狹介率領的第五中隊和長取軍由近藤賴藏指揮的砲兵隊等為主力開始沿著宇治川開始朝淀城進軍，舊幕府軍則派遣會津軍、傳習隊、新選組和游擊隊佈陣於淀城東北方的溼地的千兩松附近準備迎擊，由於幕府軍統一的行動使得因為溼地而難以行動的新政府軍遭到嚴重的打擊，薩摩軍的城下士小銃隊十二番隊隊長伊集院與一及長州軍的第一中隊半隊司令藤村英二郎和率領第五中隊的石川厚狹助都在此戰中戰死，但是由於福田俠平指揮得當因此在長州軍第一中隊突擊下確保住了橋頭堡，新政府軍開始展開全面的攻擊擊破了舊幕府軍，會津軍的虎之子別選隊及新選組都在這場戰鬥中遭到毀滅性的打擊，因此舊幕府軍在渡過淀小橋後為了怕新政府軍追擊而來在將淀小橋燒毀後才往淀城的方面撤退過去。新政府軍的鳥羽方向軍和伏見方向軍分別擊破前方的敵人前進後，在淀城附近兩軍合流並開始進攻淀城，但是舊幕府軍在向淀城連絡希望能進城時，淀藩的譜代重臣稻葉家拒絕讓舊幕府軍進城，並向新政府軍表示恭順之意。對於淀藩的背信感到憤慨的舊幕府軍為了不讓新政府軍追上，於是以後方的八幡‧橋本陣地為目標渡過淀大橋，並且在過橋後將橋燒毀。
1月6日，失去淀城的舊幕府軍只好將原本「向京進軍」的方針改為「向京進軍迎擊新政府軍」，為了阻止往大阪平野前進的新政府軍，舊幕府軍在京都平原最南端的八幡台地和舊幕府軍的本營所在地橋本佈陣。這時的政府軍是由薩摩藩、長門藩、土佐藩、鳥取藩和安藝藩所組成的大軍，並分別組成以薩摩軍為主力的右翼軍、由指揮第一中隊‧第三中隊‧第五中隊‧第八中隊的長門軍及指揮日新隊一個小隊的岩國軍以及指揮山崎隊的德山軍組成的右翼軍和由長州軍第六中隊及薩摩軍城下士小銃一番隊和外城一番隊所組成的別動隊一分為三在渡過木津川後開始朝橋本陣地和八幡台地展開攻擊。為了要阻止新政府軍侵入大阪平原，因此舊幕府軍展開猛烈的攻擊，但是由世良修藏和林友幸所率領的長州軍第六中隊所組成的別動隊卻成功的突破了八幡台地東部的舊幕府軍陣地。此時新政府軍也說服舊幕府軍的津藩軍背叛舊幕府軍加入新政府軍，津軍並開始由橋本陣地對岸的高濱砲台開始朝舊幕府軍砲擊。這時舊幕府軍的橋本砲台也展開反擊，雙方開始進入砲擊戰，不過由於前方有新政府軍、側方有津軍，再加上新政府軍右翼軍的猛攻，因此舊幕府軍開始朝後方的大阪撤退。當舊幕府軍撤回大阪後，全軍總大將德川慶喜卻捨棄部下自己一個人搭上舊幕府軍的軍艦離開大阪往江戶逃去。因此鳥羽‧伏見之戰以新政府軍戰勝為結束。
在鳥羽‧伏見之戰中戰勝的新政府軍在慶喜逃回江戶後開始追討慶喜，並於1月7日發佈慶喜追討令。1月9日官軍佔領大阪的同一天明治天皇也即位，第二天新政府剝奪了德川慶喜的官位，並決定原本幕府的領土改為政府的直轄領地。
新政府為了避免危機因此承認不平等條約的繼續，新政府外國事務取調掛的東久世通禧於1月15日於兵庫會見各國公使之後，英、美、法、荷、義等六國在1月25日發表局外中立宣言，但是英國公使巴克斯其實對日本施與了外交援助英國並接近新政府，而法國則接近幕府因為幕府是接受了法國的援助而改革的，法國公使羅休並曾於1月19日在江戶城會見德川慶喜促其再度舉兵但是被慶喜所否拒。
2月6日新政府發出了西國22藩從軍令，並於9日由有栖川宮熾仁親王為東征大總督擔任東海道軍、東山道軍及北陸道軍的總指揮官，並分別於13日任命先鋒總督為岩倉具定和總督府參謀為伊地知正治以及乾退助擔任及14日任命由西鄉隆成為東征大總督府參謀。而在幕府方面，舊幕臣也組織了彰義隊占據了上野山。3月3日新政府開始下令兵分三路朝江戶進軍，分別是木梨精太郎和海江田信義率領的東海道軍沿著東海道前進、板垣退助‧伊地知正治‧河田佐久馬和谷千城等率領的東山道軍沿著東山道前進、由山縣有朋‧黑田了介‧福田俠平‧白井小助‧時山直八和三好軍太郎等率領的北陸軍沿著北陸道前進。
1868年1月的鳥羽‧伏見之戰中擊破舊幕府軍的新政府軍從東海道、東山道及北陸道兵分三路向江戶進軍，其中由土佐藩的板垣退助和薩摩藩的伊知地正治二位參謀率領的東山道軍在進軍到信州時得到了由近藤勇所率領的甲陽鎮撫隊往甲府城進軍的報告，因此板垣脫離隊伍以土佐和鳥取為主力組織了別動隊也以甲府城為目標進軍。另一方面，在鳥羽‧伏見之戰後近藤率領著在此戰後還存活的新選組組員展開了新兵募集以補充兵力，在淺草的矢野內記加入後組成了甲陽鎮撫隊，甲陽鎮撫隊以甲府城為目標開始進軍，但是在行軍到了多摩地方也就是近藤和土方歲三的故鄉時受到當地民眾熱烈的歡迎使得行軍速度放慢，再加上由於道路被積雪所阻礙因此行軍速度放慢不少，因此板垣所率領的新政府軍先行一步進教了甲府城完成了接收甲府城的動作。
得到甲府城的板垣命令旗下的谷干城和河田左久馬二位軍監向甲州街道進軍以便擊破甲陽鎮撫隊，另一方面還不知道甲府城已經被新政府軍奪下的甲陽鎮撫隊還是朝著甲府軍進軍，一直到了勝沼時才知道甲府城已經被新政府軍拿下了，因此甲陽鎮撫隊在柏尾佈陣準備迎擊正朝他們進軍的新政府軍。
以擊滅甲陽鎮撫隊為目標而進軍的新政府軍分成由谷率領的前軍和由河田率領的後軍分別前進，在知道甲陽鎮撫隊佈陣之後谷將前軍一分為三，谷和北村長兵衛率領的中央軍由土佐迅衝隊砲兵隊和由天野祐次指揮的鳥取一小隊構成沿著甲州街道正面向甲陽鎮撫隊攻擊，由土佐迅衝隊大軍監片岡健吉率領的右翼軍由土佐迅衝隊三番隊、由左分利九充指揮的鳥取一小隊和高島藩半小隊構成從甲州街道南方的柏尾進行戰略要地的岩崎山，由土佐迅衝隊四番隊隊長谷神兵衛率領的左翼軍由土佐迅衝隊四番隊和由藤田束指揮的鳥取一小隊構成繞過甲州街道北側的菱山後渡過深澤川進攻佈陣在柏尾山的鎮撫隊的背後。另一方面，鎮撫隊也接到了新政府軍朝他們進軍的報告，因此在柏尾山麓構築好陣地後將虎之子的大炮其中一門對準甲州街道、另外一門則配置在柏尾以南的日川對岸的岩崎山，同時還命令旗下的春日隊防衛岩崎山，但是由於鎮撫隊的兵力過少因此土方前往江戶請求援軍。
但是在土方帶著援軍回來之前，3月6日早上新政府軍已經對著鎮撫隊開始攻擊，由於中央軍從甲州街道攻過來時鎮撫隊的炮手不在因此為了調整信管錯失了砲擊最有效的時機，此時中央軍主力的土佐迅衝隊分別從左右兩翼開始攻擊鎮撫隊的陣地。同時在柏尾陣地南方的岩崎山也開始了戰鬥，為了確保大砲因此春日隊與片岡率領的右翼軍展開了戰鬥，雖然春日隊出乎意料的十分善戰，但是片岡在岩崎山麓放火以濃煙遮蔽了春日隊的視線，因此在進行突擊後順利擊敗春日隊成功奪取岩崎山，並且開始渡過日川突擊鎮撫隊的側面。這個時候左翼軍已經克服了菱山、深澤川和柏尾山等天險開始在鎮撫隊的背後展開射擊，由於背後遭到射擊因此鎮撫隊陷入一片混亂，這時河田率領的後軍也趕到了，因此戰力增強的中央軍開始猛攻，遭到三面圍攻的鎮撫隊因此被擊破敗走，此場戰役結束之後谷和河田率領的部隊在和板垣率領的本隊集結之後就繼續延著甲州街道向江戶進軍了。
當時西鄉、大久保等掌握了新政府的實權。但由於還有很多公卿大臣藩主在動搖觀望(幕府軍也不是白給的， 光德川的親軍編制就有所謂"旗本五萬騎"， 而且訓練， 武裝等等可不是大清晚年的腐敗八旗子弟能比， 此外還有保幕諸侯的軍隊未計其內； 倒幕軍一時能集結的兵力在兩萬左右， 僅從數位上看是絕對不敵幕府勢力的)， 西鄉決定一勺兒把他們都拉下賊船， 用謀略挑動幕府先行攻打新政府(他讓薩摩藩浪人四處劫掠富商， 傳言新政府將攻打幕府, 並在幕府統治的腹地各處襲擾， 誘使幕府分散兵力)。 幕府果然中計， 於1868年(戊辰年)首先發動進攻， 雙方以保幕和倒幕爲目的的大規模內戰"戊辰戰爭"爆發。 薩長軍隊聯手於京都附近的伏見， 鳥羽大破幕府軍(薩長軍力只有幕府軍力的1/3， 但在訓練， 士氣， 裝備方面都占優)。 促使西部各諸侯， 富商都紛紛加入討幕陣營， 英國人也願意更多地爲討幕軍提供軍火了。 本來嘛， 誰不願意見風使舵， 把寶壓在獲勝機率大的一邊呢。

隨即西鄉就任討幕軍"大總督府參謀"，實際是總參謀長的位置， 指揮倜儻， 橫掃幕府軍隊， 取得軍事上的巨大勝利。嚇得幕府將軍都不敢在老巢裏待。 討幕軍三路並進，直取江戶。 爲了避免不必要的傷亡， 西鄉與留守的幕府大臣， 幕府的"陸軍總裁"勝海舟舉行會談， 實現江戶"無血開城"， 幕府將軍取消特權和部份領地， 成爲普通諸侯， 基本上就等於當了一流亡地主。 討幕軍接著又於上野大敗幕府勢力殘餘彰義隊， 掃蕩日本東北部支援幕府的一些死硬諸侯的軍隊後凱旋回京。
突然發現沒提到赤報隊，這裡就提一下好了。
鳥羽‧伏見之戰結束後，相樂總三以下的薩邸浪士隊到達京都，總督府命令相樂等人參加東征軍，於是1月7日在守山於綾小路及滋野井二公家、水口藩士和原新選組部份人士等會合之後，9日在綾小路家及滋野井家向政府提出舉兵的信之後，10正式組成赤報隊，一番隊隊長相樂總三、二番隊則由原新撰組派組成、三番隊則是由水口藩士派組成。12日相樂在向政府提出建議發佈年貢減半令的建議書之後，14日總督府給予一番隊租稅減半的公約，15日太政官坊城大納言更將「東海道鎮撫使之隨指揮候樣可申候」的敕諚交給赤報隊。23日相樂向政府提出希望能下賜錦旗與希望能許可進軍東山道的建議書，就在這時出現了來歷不明的關於赤報隊的不好流言，因此25日總督府發佈了要求赤報隊歸還的命令，因為收到這份命令因此二番隊和三番隊都歸還了，相樂為了要問清楚政府的本意因此前往總督府訊問但是總督府不肯接見，更於27日撤回年貢減半令，29日在東海道鎮撫總督出面召回二番隊與三番隊後，赤報隊已經形同解體了。
2月6日一番隊(赤報隊)進入下諏訪之後，為了要等待總督府本隊而停留在下諏訪，7日派出北信分遣隊為先鋒往碓冰峠的方向前進。8日東山道總督府以為了召開軍議為由召回相樂，因此相樂從下諏訪出發，沒想到隔日10日總督府就向諸藩發出布告文指稱赤報隊是偽官軍，要求諸藩消滅赤報隊。14日北信分遣隊占領了碓冰峠，17日分遣隊遭到各藩的攻擊，並於隔日19日遭到殲滅，西村以下18名隊名被拘禁於岩村田藩，金原則戰死。19日相樂到達大垣的總督府後並向總督府報告完後，20日總督府就取消了10日的布告，並且要求相樂探索關東，但是同日分遣隊的市川已經回到下諏訪的本隊裡了。23日當相樂離開大垣回到下諏訪之後，隔日24日總督府就再度向各藩發出消滅赤報隊的命令，因此25日相樂就分別向薩摩藩及總督府提交正式附屬薩摩藩的約定書及希望正式下達探索關東的斥候命令書，27日赤報隊並離開下諏訪往樋橋的方向移動。
3月1日總督府派出使者向相樂傳達要召開軍議，但是在相樂、大木到達總督府時卻遭到逮捕，隔日總督府要求相樂招集正在待機中的隊士到總督府後，在他們到達總督府後總督府也將他們全部都逮捕起來，3日傍晚總督府就以偽官軍的名義將相樂以下八名幹部斬首，其他的則全部釋放。
3月6日的甲府柏尾戰爭結束、幕府軍戰敗之後，3月9日攜帶著勝海舟書信的山岡鐵太郎前往面會西鄉隆希望能阻止江戶發生戰事，11日在山岡鐵太郎將寫有西鄉隆盛所提出的七項條件的書信帶回江戶後，12日大總督府的東海道先鋒總督橋本實梁就進府品川。13日勝海舟在高輪的薩摩藩邸與西鄉隆盛會談，14日在田町的薩摩藩別邸展開第二次會談，在這二次會談後西鄉隆盛同意停止15日的江戶總攻擊。
在同一天明治天皇發布五箇条の誓文，隔日更撤去舊幕府的高札改為公告五榜揭示。同一天因為江戶無血開城，因此前外國奉行兼勘定奉行的川路聖謨切腹自殺。19日奧羽鎮撫總督九條道孝及上參謀醍醐忠敬等人應仙台藩的出兵請求到達松島，20日西鄉隆盛回到京都提出德川處分案，因此朝廷承認了德川處分案要求慶喜交出江戶城。
4月4日橋本實梁以敕使的身分進入江戶城傳達朝廷的五條朝旨，同時東海道先鋒軍也進入到了江戶城，4月5日舊幕府軍在流山再度敗北後，近藤勇在戰後被捕並於4月25日在板橋遭到斬首，因此4月7日德川慶喜才接受敕命於11日將江戶城移交給政府軍，德川慶喜本人則搬回水戶居住。同時舊幕府軍也開始陸續撤離江戶，海軍副總裁榎本武揚帶著七艘軍艦朝著安房館山外海撤退，步兵奉行大鳥圭介帶著擁有1600人兵力的舊幕府軍洋式部隊「傳習隊」撤往下總市川與甲揚鎮撫隊的土方歲三會合，彰義隊的天野八郎將本營遷移至寬永寺東南方的寒松院，舊幕府軍諸隊並陸續與彰義隊會合，因此彰義隊將全隊編列18個分隊。4月15日德川慶喜到達水戶後，就被要求隱居。
大鳥圭介在與新選組會合之後便以德川幕府的靈山--日光東照宮為目標往野州方向開始進軍，舊幕府軍一共分為三軍，分別是大鳥自己率領中、後軍從野州北進，以及秋月登之助和土方歲三率領前軍從野州向常陸的小藩們徵收物資朝著日光進軍。向新政府表示恭順的宮都宮藩在得知舊幕府軍北進的情報後，十分慌張的向在甲州柏尾擊破甲陽鎮撫隊的新政府軍東山道先鋒總督府請求援軍，因此東山道軍派出東山道軍軍監香川敬三在內及有馬藤太、平川和太郎等人前往救援宇都確藩，救援軍是由彥根藩二個小隊、岩村藩一個小隊及須坂藩一個小隊約二百名兵力構成，就在救援軍在前往宇都宮藩的途中，因為佐幕派和尊王派之間處於內戰狀態的結城藩也派兵參加救援軍。救援軍到達宇都宮城後便在小山附近於舊幕府軍的中‧後軍展開交戰，為了要早點擊敗舊幕府軍因此香川敬三向在板橋的東山道軍請求增援。
4月19日，在向東山道軍請求援軍之後，香川也向附近鳥山藩請求援軍，因此鳥山藩派出了三個小隊共三百多人的兵力協防宇都宮城，但是宇都宮城接到消息指出舊幕府軍的前軍也朝著下館的方向進軍中，為了要迎擊舊幕府軍前軍因此朝宇都宮城東南方出擊，並隔著田川佈陣準備迎擊。這時秋月‧土方率領的舊幕府軍前軍以傳習隊為右翼、桑名士官隊為中央、回天隊及新選組為左翼開始進攻在田川的宇都宮守備軍，由於宇都宮守備軍在人數及武器都不如舊幕府軍，因此在舊幕府軍的猛攻之下逃回宇都宮城。舊幕府軍前軍在戰勝之後開始攻擊宇都宮城，由桑名藩‧回天隊‧新選組及砲兵攻擊南門的下河原門、由傳習隊攻擊北門的大手門。雖然宇都宮守備軍以必死的決心全力阻止但是情況對兵力及裝備居於劣勢的守備軍不利，因此在傍晚香川決定由西門的松ヶ峰門撤退出城，香川等新政府軍幹部為了迴避大鳥率領的幕府軍中‧後軍因此撤退至下總古河，而宇都宮藩藩主等人則逃往上州館林藩。此戰結束後舊幕府軍在城下放火燒毀了城下町、宇都宮城本丸及城北的明神山的二荒山神社，在燒毀之後20日大鳥圭介率領的中‧後軍也進入宇都宮城內了。
這時在板橋的東山道軍總督府在收到了香川的救援請求後決定再派出宇都宮城救援軍，並任命鳥取藩的河田佐久馬為內參謀，救援軍是由包含山國隊二個小隊在內的鳥取藩六個小隊及土佐藩六個小隊為核心於4月17日出發，但是總督府在收到戰敗的消息之後於18日分別派出了由東山道軍參謀伊地知正治率領並由薩摩藩小銃五番隊‧長州藩施條足輕第一大隊二番中隊‧大垣藩二個小隊‧忍藩一個小隊構成的第二陣以及由薩摩藩城下士小銃六番隊‧二番砲兵隊‧兵具隊半隊‧大垣藩二個小隊構成的第三陣出擊，三支救援部隊兵分三路，河田率領的第一陣朝野州壬生城進軍，伊地知率領的第二陣朝著常陸的岩井進軍，並於20日擊破舊幕府軍。這時攻下宇都宮城的舊幕府軍在得知新政府軍正在接近中的消息之後便前往迎擊，大鳥派出傳習隊二個小隊、御料兵、幕府步兵第七連隊、別傳習隊和桑名藩於21日出擊。河田在得知壬生城攻擊隊出擊後在將本營設於壬生城後就派兵前往壬生城北方的安塚布陣迎擊，22日清晨舊幕府軍在渡過姿川之後開始攻擊新政府軍的陣地，在舊幕府軍的砲擊之下新政府軍處於劣勢，由此在壬生城的河田率領所有預備戰力自壬生城出擊，由河田為首的鳥取軍為先鋒，新政府軍開始突擊舊幕府軍。裝備比較優良的傳習隊雖然在火力戰中徹底壓制住新政府軍，但是相對的在由町民農民構成的白兵戰中較為弱勢，因此遭到新政府軍以突擊進行白兵戰時被擊破敗走，結果其他的舊幕府軍因為傳習隊的敗走也退卻了，使得此戰由河田率領的新政府軍獲得勝利，不過新政府軍也因此損失慘重而全軍退回壬生城而未追擊舊幕府軍。
在河田率領的宇都宮城奪還軍第一陣退回壬生城後，由野津道貴和大山巖率領的第三陣也到達了壬生城，血氣方剛的野津道貴和大山巖主張攻擊宇都宮城，不過卻被河田以補給及重新編成為理由而拒絕了，對此不滿的野津道貴和大山巖因此獨自以第三陣的兵力於23日一早從壬生城出擊要攻擊宇都宮城。上午十時奪還軍第三城開始攻擊防守宇都宮城城下町西南的六道辻陣地，血氣方剛的二人在猛攻之下奪取這個陣地，並開始開始宇都宮城西門的松ヶ鋒門。但是第三陣只有七個小隊的兵力，以三千人的兵力攻擊宇都宮城太無謀了，所以第三陣被擊退回六道陣地。在第三陣不利的情況下，下午三時伊地知率領的第二陣同時是奪還軍的主力到達宇都宮城，因此在將補給物資提供給第三陣後，開始攻擊城南的出丸，第三陣在獲得補給之後便再度攻擊松ヶ峰門。傍晚補給和編成完成的河田也率領第一陣到達，並開始對北門的大手門開始攻擊。被奪還軍三面圍攻的舊幕府軍開始陷入劣勢，大鳥、土方等幹部都因此負傷，因此大鳥決定撤退，並由沒有被新政府軍攻擊的東北門的今小路門往奧州街道撤退，為了順利脫離有一部份部隊在城北的明神山和八幡山進行援護射擊，使得政府軍沒辦法追擊，並使得舊幕府軍順利撤退。
第二次宇都宮城攻防戰結束後奪還軍在宇都宮城等待板垣退助參謀率領其他的東山道軍前來會合，兩軍會合之後東山道軍一分為二，伊地知率領一批部隊前往白河方向，而板垣則率領另一批部隊追擊撤退往日光的舊幕府軍。
閏4月1日時英國公使巴克斯向明治天皇提出信任狀，自此英國政府確定正式承認新政府，同日大鳥圭介就任為會津藩客將總督。3日在市川及船橋新政府軍與幕府洋式部隊義軍府部隊展開交戰，義軍府部隊戰敗撤退，4日仙台、米澤二藩決定共同召開救援會津的白石會議，7日的時候政府軍追擊著義軍府部隊，於是在下總展開掃討戰，8日的時候由於新政府軍的攻勢，因此義軍府部隊四處潰散。9日新政府軍參謀世良修藏與大山格之介進入白河城準備討伐佐幕的庄內藩，但是在19日的時候反抗新政府的仙台藩士襲擊了世良修藏，隔天20日世良修藏被處刑，因此白河城落入東北諸藩軍的手中，到了22日東北25藩更是成立了奧羽列藩同盟。奧羽列藩同盟成立之後，新政府軍實際上的司令官大村益次郎命令東山道先鋒總督府參謀伊知地正治在救援完宇都宮藩後要奪回白河城，伊知地以他所擁有的兵力試圖奪回白河城，但是在25日被壓倒性多數的奧羽列藩同盟軍所擊退，因為敗戰而反省的伊知地在向東山道軍請求援軍增強戰力後，派出斥候偵察白河的地形和同盟軍的配置，在得到地形及同盟軍配置狀況後，伊地知提案「將自軍一分為三，中央軍偽裝成主力部隊，待同盟軍的注意力被中央軍所吸引之後，左右兩邊的迂迴軍分別遮斷同盟軍的後方及突擊白河城」之後，便於5月1日清晨開始實行作戰。由川村純義所率領擁有薩摩城下士小銃二番隊‧四番隊的右翼軍在凌晨四時以白河城東南方的雷神山為目標開始進軍，由野津鎮雄所率領擁有薩摩城下士小銃五番隊、大垣藩一個中隊、長州藩施條足輕第一大隊二番中隊‧四番中隊二番小隊及三門大炮的左翼軍在上午六時以白河城西南方的立石城為目標開始進軍，最後伊知地參謀親自率領擁有大垣一個中隊、長州施錠中間第四大隊一番中隊二番小隊、忍藩一個小隊、大炮四門及臼炮二門的中央軍同時於上午六時以能看見同盟軍主要陣地的奧羽街道的要地--稻荷山為目標開始進軍。伊知地出發後首先攻擊稻荷山前方一公里的小丸山，伊地知輕鬆的擊退同盟軍守備隊後，在小丸山樹立起非常多的軍旗以便製造有大軍在小丸山集結的假像，而且伊知地用手上的四門大炮開始朝著稻荷山開始炮擊，因此同盟軍誤以為在小丸山的部隊是政府軍的主力而以六門大炮開始射擊，因此展開雙方距離只有一公里的炮擊戰。由於大炮數量的差別因此伊知地率領的中央軍慢慢的要被壓制了，因此大垣藩和長州藩開始以臼炮展開炮擊以便援護。在大炮和臼炮的炮擊之下稻荷山開始被壓制住了，見到這種情況的會津藩副總督橫山主稅為了激勵自軍而到了稻荷山山頂，結果橫山主稅遭到長州藩和大垣的槍擊而戰死。在得知橫山戰死的消息之後，白河口總督同時是會津藩家老的西鄉賴母將駐守在白河城及雷神山的守軍陸續投入稻荷山與伊知地參謀的中央軍對抗。
就在同盟軍被中央軍所吸引的時候，川村率領右翼軍襲擊兵力變薄弱的雷神山，並且輕易的就占領了雷神山。在得知雷神山陷落的同盟軍慌忙的派出預備兵力打算奪回雷神山，但是川村率領右翼軍從山頂攻擊同盟軍，因此同盟軍不斷的被擊退。這時川村將右翼軍一分為二，一部分從雷神山前往米山越遮斷同盟軍的退路，另一部分則追擊敗退的同盟軍順勢突擊城下町。右翼軍追擊撤退的同盟軍，戰死的同盟軍士兵的鮮血將谷津田川的水都染紅了，而負責前往米山越的右翼軍其中一部分在到達米山越之後就開始朝著稻荷山的同盟軍展開炮擊，由於遭到稻荷山前方的小丸山上的中央軍及後方米山越的右翼軍的挾擊，因此稻荷山的同盟軍主力陷入一片混亂，此時大垣藩及長州藩開始攻擊稻荷山，兩軍在稻荷山的山麓展開了一場死鬥。
這個時候，野津率領的左翼軍在一陣激戰後也奪取了立石山，在這場戰鬥中會津藩朱雀隊的指揮官日向茂太郎戰死。因此野津以白河城為目標率領左翼軍開始突擊，由於這次的突擊使得仙台軍參謀坂本大炒戰死，使得同盟軍陷入了大混亂並開始敗退。但是由於從白河城到奧州街道的路被米山越的右翼軍和立石山的左翼軍所封鎖了，因此白河城順利被右翼軍及左翼軍所攻下，同盟軍因此崩潰敗走。
在白河城攻防戰以同盟軍大敗收場之後，隔日5月2日長岡藩上席家老河井繼之助與東山道軍軍監岩村清一郎在小千谷的慈眼寺展開會談，長岡藩希望新政府軍能夠停止進攻並且赦免會津藩但是被岩村所曾拒了，因此最後這場會談以談判破裂收場，於是在4日長岡藩參加了奧羽列藩同盟，6日北陸五藩也跟進參加了奧羽列藩五藩。
小千谷談判破裂之後，長岡藩決意要與政府軍戰鬥，在會津藩、衝鋒隊和桑名藩加入後長岡藩的戰力更是加強。於是在9日由河井繼之助率領同盟軍從光福寺出發展開南方高地奪回戰鬥，10日早晨同盟軍開始對防守在南方高地的榎峠的新政府軍展開攻擊，這時防守榎峠的新政軍只有尾張藩一小隊和上田藩一小隊合計二小隊的兵力而已，因此新政府軍對榎峠派出援軍，不過由於同盟軍為了防止新政府軍派出援軍，因此用計使得信濃川的水位高漲，因此對岸的小千谷派出的援軍無法到達榎峠。河井將部隊一分為三，主力是包含山本帶刀的大隊在內的四個小隊和由佐川官兵衛率領的會津藩朱雀四番中隊朝榎峠正面進攻，殘餘的四個小隊則從側面突擊，會津藩鎮將隊、桑名藩浮擊隊、神風隊和衝鋒隊則迂迴到榎峠的背後進攻朝日山。尤於榎峠的峠道無法展開大兵力，所以正面攻擊的長岡藩四個小隊並無法佔到優勢，於是一開始的戰況對新政府軍有利。但是迂回部隊的長岡藩四個小隊到達榎峠東方的石坂山後，開始在山頂上對著新政府軍開始射擊，而且後來會津‧桑名‧衝鋒隊的別動隊也順利占領了朝日山，使得新政府軍陷入被半包圍的狀態。另一方面新政府軍的軍監岩村聽到同盟軍的槍擊聲後還不認為這是重大的事而喝著酒，因此對此感到憂心的山縣有朋趕下岩村由自己來指揮作戰，因此新政府軍的反擊也展開了，尤於和山縣有朋同樣是新政府軍的參謀黑田清隆因為發燒臥病在床，因此新政府軍只能靠山縣一個人指揮作戰了。由於山縣一直等不到尾張藩、松代藩、薩摩藩和長州藩(奇兵隊‧報國隊)等援軍，因此在傍晚山縣決定渡過信濃川撤退，所以榎峠和朝日山完全被同盟軍所占領了。
在南方高地被同盟軍占領之後，北陸軍的參謀時山直八決定擬定奪回朝日山的計畫，時山決定於13日開始攻擊朝日山，不過慎重的山縣決定於12日晚上就先繞到後方準備隨時增援。13日清晨時山趁著信濃川周圍佈滿了濃霧開始了渡河行動，這時時山率領著長州軍奇兵隊二番隊‧五番隊‧六番隊、長府軍報國隊一番隊‧三番隊、薩摩軍二番游擊隊‧外城三番隊‧城下士小銃十番隊半隊的戰力開始渡河。在順利的渡河成功之後，長州軍從朝日山北側、薩摩軍從西側開始攻擊朝日山，由於攻擊順利因此新政府軍不斷突破沿途由會津軍鎮將隊防守的陣地開始慢慢接近山頂。防守山頂陣地的桑名雷神隊對著新政府軍開始展開猛烈射擊，時山因此中彈身亡，在時山戰死後長州軍開始撤退，在得知長州軍撤退之後薩摩軍也開始撤退，因此新政府軍的朝日山攻擊以失敗收場。
江戶無血開城之後，雖然江戶是由新政府軍所支配，但是實際上江戶城和東海道周邊還沒有完全落入新政府軍的勢力範圍，特別是割據上野山的彰義隊與新政府軍的士兵們不斷的發生衝突事件，對這種狀況感到危機感的新政府派出軍略天才的長州藩的大村益次郎前往江戶討伐彰義隊，在到達江戶之後大村馬上擬定了討伐彰義隊的作戰，於是在5月15日新政府軍的攻擊開始了。
上午六時，於14日發出戰線布告的官軍在大下馬附近集結完成。七時的時候，巡邏中的彰義隊頭並天野備八郎在根岸朝著本鄉方向開槍。上午十時對彰義隊的投降勸說失敗後，十一時官軍於彰義隊就在上野的八個門展開戰鬥，尤其是彰義隊主力和官軍的薩摩隊在黑門門口展開激烈的交戰。上午十二時在壓倒性的近代兵力猛攻下，彰義隊奮勇的戰鬥著，因此戰況陷著一片膠著。下午一時由於官軍使用大炮確保了弁天島的據點，因此請況開始對官軍有利了。下午二時防守黑門門口的會津藩遭到官軍從背後突擊，陣地因此而瓦解了，為了挽回劣勢所以彰義隊開始在上野一帶放火。不過彰義隊還是無法挽回劣勢，因此下午三時彰義隊突破黑門撤離上野往根岸的方向撤退。
上野戰爭中由彰義隊在上野一帶所放的火一直燒到深夜才結束，總共有1200戶的房屋被燒毀，上野寬永寺也在這場大火中被燒毀了。
就在上野戰爭當天，板垣退助也率領著土佐藩兵進入白河城了，另一方面在朝日山攻擊失敗後山縣有朋更慎重了，他不但請三好軍太郎率領東山道軍來援，而且部隊還保持著守勢一直隔著信濃川炮擊同盟軍的陣地，而在河井方面也保持守勢強化了榎峠和朝日山的陣地，而且也隔著信濃川炮擊政府軍的陣地。在三好方面，三好所率領的東海道軍一路驅逐著桑名藩、會津藩、水戶藩的同盟軍一路前進，在12日到達了信濃川對岸的関ヶ原，三好在到達関ヶ原之後與在小千谷的山縣連絡後為了狙擊同盟軍主力所在的南方高地，而計畫於19日渡過信濃川攻擊長岡城，雖然薩摩陣營認為這項計畫太冒險而表示反對，不過長州陣營仍然決意以長州藩為主力渡河作戰。
19日清晨三好率領長州藩奇兵隊三番隊和長府藩報國隊二番小隊‧四番小隊開始渡河作戰打算於長岡城正面的中島方向上岸，高田藩和金澤藩主力也開始渡城作戰於中島周邊陸續的上岸。在得知三好順利登陸成功後薩摩藩也開始渡河作戰，外城三番隊‧四番隊、城下士小銃十番隊和二番砲兵隊陸續在三好登陸地點北方的藏王方面登陸，並且在擊破防守藏王堂城陣地的長岡軍後占領了這個地點。由於主力在朝日山等南方高地，所以河井繼之助所在的長岡城守備戰力十分脆弱，在政府軍展開奇襲的時候根本很難防守長岡城，所以河井在得知政府軍的奇襲之後決定放棄長岡城，河井在藩主父子離開城內前往會津之後，便率領部隊用火炮牽制政府軍好讓旗下的部隊能夠很順利的撤往櫪尾方面。在得知三好的攻擊的山縣也從小千谷出擊，目標是攻下南方高地，不過卻遭到守備南方高地的同盟軍激烈的反擊而撤退，同盟軍趁這個機會撤離南方高地。
長岡城撤出的部隊和南方高地撤出的部隊在櫪尾會合之後就撤往桑名藩領的加茂，這時米澤藩的主力以援軍的身份到達加茂，同盟軍的戰力增加了約三千人的大軍，再加上背後有新潟港在很容易向外國購買補給品，因此同盟軍開始準備對政府軍展開反擊。另一方面，攻下長岡城的政府軍為了追擊同盟軍而進軍著，由於前線延伸過長使得補給不易，已經快到了攻擊的界限了，此時北越戰爭的戰況開始進入第二階段了。
22日米澤藩加入了同盟軍的軍議，軍議中河井繼之助認為奪回長岡城是必要不可缺的，在獲得米澤藩在內其他同盟軍首腦的同意之後決定了主攻是的見附方面分為由米澤藩及衝鋒隊組成的右翼軍和從赤阪突擊見附的由長岡藩及村松藩組成的左翼軍，助攻與板方面的與板方面軍則是由桑名藩及會津藩組成，而政府軍的出雲崎方面軍則是在彌彥口防守庄內藩及會津藩。
在見附方面，5月26日由齋藤篤信率領的右翼軍到達見附，這時防守見附的是由中村源助率領的薩摩外城四番隊，在發現同盟軍接近後中村在小栗山佈陣以待，同盟軍由米澤藩正面攻擊，衝鋒隊則以迂迴的方式包圍外城四番隊，因此外城四番隊只好撤退了。這時政府軍的薩摩城下士小銃十番隊‧外城三番隊的半隊、長州奇兵隊二番小隊和松代藩一個小隊以援軍的身份前來援助外城四番隊，因此雙方展開了野戰，在薩摩藩和長州藩的猛攻之下右翼軍只好暫時撤退結束了這天的戰事。到了28日米澤藩再度展開攻擊，這天米澤藩總督千坂高雅到達戰線，在他的指揮之下對小栗山方面展開了攻擊，雖然薩摩藩遊擊隊三番隊的半隊在小栗山西方的平地發現米澤藩的一個小隊並展開攻擊，而且擊退了該小隊，不過由於衝鋒隊對著薩摩藩部隊的側面展開突擊而使得藩摩藩隊部因此撤退。之後從29日至6月1日之間不斷的展開零星的攻擊，不過一直無法攻下小栗山。
在赤坂‧杉澤方面，同盟軍也於24日展開攻擊，傍晚時長岡藩軍事掛川島億二郎並率領十一個小隊到達戰線。6月1日時米澤藩五小隊、長岡藩二小隊、會津藩三小隊、村松藩二小隊半及各藩炮兵隊組成的同盟軍朝著杉澤進軍，此戰由負責從赤坂峠正攻的本隊和從赤坂後方迂迴進攻的別動隊分別進軍。由於本隊的砲擊使得政府軍遭到壓制，後來長州藩奇兵隊三番小隊半隊‧四番小隊及薩摩藩城下士小銃十番隊半隊的援軍到達之後才使情勢逆轉一口氣擊退同盟軍，在這次的攻擊中米澤軍小隊長山下太郎兵衛也戰死沙場。雖然本隊遭到很大的損失而撤退，不過別動隊卻成功的將赤坂後方的政府軍處點的堀溝村中貯藏的物資燒燬並擊破了斥候，不過在得知本隊被擊退後別動隊也慌忙的撤退了。
在與板方面，由於與板藩的本家從屬於政府軍，因此是周邊各藩中唯一支持政府軍的藩國，5月27日桑名藩三隊開始進軍並擊退守備與板的與板藩守備隊，雖然長府藩報國隊五番隊以援軍的身份前往支援，不過桑名藩也將其擊破，副隊長勝原國助更是戰死。在得知這個戰敗消息的関が原政府軍本營派出由岩村高俊率領的奇兵隊一番小隊、薩摩藩二番游擊隊半隊和須坂藩一小隊前往守備與板方面，這一天桑名藩雖然連打二場勝戰不過並沒有採取積極的攻勢，面對數量較多的政府軍採取了回防的姿態，但是從出雲崎前來的加賀藩一小隊和高田藩二小隊以援軍的身份遮斷了桑名藩的退路，在這個情況下桑名藩卻反而擊退了包圍他們的政府軍。連續二日戰敗的消息使得政府軍有強烈的危機感，因此山縣有朋派遣奇兵隊總監福田俠平率領奇兵隊二番小隊和七番小隊負責指揮出雲崎和與板的政府軍，福田順利的在6月1日阻止了桑名軍的攻勢及庄內藩於出雲崎的攻勢，為了要挽回劣勢因此同盟軍計畫奪取防守薄弱的今町了。
由於同盟軍在見附、杉澤、赤坂及與板等方面的攻勢牽扯住了政府軍主力的長州軍和薩摩軍，因此在長岡北方十公里處的交通要所今町變得守備薄弱，因此河井繼之助在6月1日就與米澤軍參謀甘粕繼成和會津藩的佐川官兵衛決定不參加軍議而前往進攻今町。這時出擊的戰力有長岡藩七個小隊、衝鋒隊一個中隊和一個小隊以及佐川官兵衛率領的會津藩朱雀四番士中隊，在河井編成部隊之後部隊一分為三，分別是由長岡藩齋田隊‧田中隊‧二門砲和會津佐川隊組成的中央軍由河井親自率領沿著刈谷田川東岸前進，由長岡藩大川隊‧小島隊和九里隊組成的左翼軍由山本帶刀率領由坂井的方向前往今町，以及由長岡軍本富隊‧池田隊和衝鋒隊組成的右翼軍沿著刈谷田川西岸前進，分別朝著今町開始進軍。另一方面，為了因應同盟軍的進軍，新政府軍在今町方面也做了守備，在坂井口有高田藩二個小隊和上田藩半個小隊，在刈谷田川東岸的安田口有尾張藩由高橋民部率領的一個小隊，至於在刈谷田川西岸的中之島口則是有高田藩一個小隊和農民隊的方義隊二個小隊。
同盟軍在2日中午開始同時對防御薄弱的今町展開三面攻擊，長岡藩、衝鋒隊和會津藩在不斷猛攻之下瞬間突破了安田口和中之島口，這時在見附方面，得知同盟軍在攻擊今町的政府軍由軍監三好軍太郎、長府藩報國隊軍監熊野直介、奇兵隊三番小隊長堀潛太郎和薩摩藩的淵邊直右衛門共同指揮作戰，但是這時米澤藩由齋藤篤信率領著大隊的一部份支援同盟軍作戰。由於三好等人有效活用有限的戰力迎擊，因此反而擊退同盟軍，並且使長岡藩的小隊長齋田轍戰死於此次戰鬥。由於河井、古屋和佐川等人不等激勵士氣，因此同盟軍再度獲得優勢，傍晚時三好負傷、堀重傷不治死亡而熊野也戰死了，因此政府軍開始從長岡撤退。
由於這次今町攻防戰的戰敗受到山縣有朋的重視，因此為了避免危險山縣下令見附、杉澤和赤坂方面的軍力後退至今町至長岡之間的十二添和大黑等。由於同盟軍沒有多餘的能力追擊政府軍，因此在政府軍後退之後在4日的時候見附方面由齋藤篤信的大隊進駐，杉澤、赤坂方面則由米澤藩的古海勘左衛門大隊進駐，因此不但確保了杉澤和赤坂，而且也使櫪尾進入安全地帶，在這之後櫪尾成為同盟軍在進攻時重要的後方據點。
越戰爭進行的如火如荼的時候，5月28日舊幕軍方的輪王寺宮搭乘幕府軍艦長鯨丸於常陸平潟登陸前往會津，並且於6月6日進入會津；另一方面6月5日的時候，薩摩藩主及佐土原藩主一起進宮參見天皇希望天皇能夠讓他們出陣。6月7日同盟軍開始進攻十二潟及大黑等，7月2日時同盟軍擊退政府軍，並且於24日奪回長岡城，不過這場戰鬥也使得同盟軍損失慘重，河井更是因此負傷。不過29日政府軍再度發動攻勢再度佔領長岡城，同日由米澤藩防守的新潟也陷落了，使得越後全境都納入了新政府軍的勢力範圍，在這之後同盟軍與政府軍的戰鬥轉移至以東北地方為中心。
多山的日光方面的戰略要地是今市，這個都市南下可到北關東，東進可到達日光，北進可以進入會津領內街道，因此此處是會津的防御據點。閏4月20日世羅修藏在被殺害之後，奧羽越列藩同盟便將奪回白河及奪取今市納入考慮之中，因此大鳥圭介便派遣副總督山川大藏率領第三大隊的一個小隊、貫義隊和會津朱雀二番足輕隊前往今市的東方阻斷敵人的退路，至於第三大隊主力則阻斷日光和今市之間的街道然後朝今市進擊，各部隊並於21日開始分別行動。山川大藏隊在通過日光街道上的森友後便阻斷了日光街道，之後就朝今市進軍了，遭受攻擊的土佐軍立即就展開了應戰。政府軍對此沒有警戒，而且這時板垣退助也不在，面對今川大藏隊的大砲攻擊使得政府軍陷入苦戰。由於主力渡過大谷川的時候蠻久的，因此使得山川大藏隊只能單獨攻擊，不過土佐軍不斷由東部派遣增援，開始使得山川大藏隊陷入苦戰。這時土佐軍派遣別動隊由脇街道迂迴至山川隊的側面展開攻擊，由於山川隊遭到別動隊的攻擊因此開始撤退，土佐軍在山川隊開始撤退後也開始追擊至森友，這時傳習隊步兵的主力部隊開始突擊今市，並使得政府軍陷入苦戰。土佐軍在追擊東面的山川隊時發覺西面展開戰鬥，結果由於政府軍的兵力被分散，因此大鳥軍主力的攻擊相當成功一舉攻下了今市。今市攻略戰成功之後，為了延伸白河戰線因此攻下了白河城成功的防守住前往奧羽的入口。
正當越後方面同盟軍與政府軍正如火如荼的進行北陸戰爭時，同盟軍也正策劃著奪回白河城，於是在5月26日同盟軍展開第一次白河奪還戰，而且29日仙台藩進擊白河関門、會津藩進擊金勝寺和雷神山棚倉口，在經歷激烈的戰鬥之後同盟軍被擊退。於是在6月12日同盟軍在加入中村藩的部隊後以4500百人的部隊第四度展開白河奪還戰，而政府軍這時只有板垣退助率領的1500餘人的兵力，在數量上對同盟軍是有利的。在會津藩的猛攻之下政府軍被擊退了，由於同盟軍各隊一起進擊而且左右兩側的棚倉藩及中村藩也在這時殺到，使得大軍在狹窄的道路上呈現一片混亂，因此擔任伏兵的藩摩藩在這時發動攻擊使得同盟軍被擊退，不過也由於在兵力上的差異使得政府軍在這天的戰鬥中死傷較多。7月1日同盟軍展開的第六次攻擊中同盟軍在渡過阿武隈川進攻時，再度由於政府軍從背後進攻使得同盟軍因此敗退。11~12日的戰鬥後決定發動最後的攻擊，各隊在14日夜裡出擊預計於15日清楚展開攻擊，不過由於總大將的坂英力在出擊時慢了一步而且由於當晚的一陣豪雨使得他並沒有出現在白河口，所以仙台藩的參謀真田喜平太下令仙台藩各隊撤退，因為會津藩並沒有收到暫時撤退的通知因此繼續朝白河口接近，因此在大谷地方面遭到政府軍的伏擊而退卻，自此同盟軍已經完全無法奪回白河城了，28日在白河附近潛伏的會津藩部隊在被土佐藩擊退後，同盟軍完全從白河附近撤退了。
在同盟軍方面，6月15日列藩同盟推舉由輪王寺宮擔任盟主，不過在24日板垣退助開始攻略棚倉城，25日守山藩向政府軍降伏、28日在泉城被政府軍攻陷後相馬藩脫離了同盟，在同一天政府軍的島津增援部隊進入江戶了。
29日在政府軍攻陷湯長谷城之後，7月1日政府軍開始計畫展開平城攻防戰。
7月12日板垣退助進入白河城召開軍議後決定於13日清晨開始炮擊同盟軍，此時守備平城的部隊只有二千人。政府軍在三面包圍平城後由於碰上濃霧中，因此決定在霧散去之後與小銃一起射擊，上午七時濃霧散去後政府軍開始展開射擊，因此同盟軍也展開了反擊。中午過後戰場上突然下起了豪雨，因此雙方的攻擊暫時停止，雨停後雙方繼續展開了戰鬥。此時城門陸續被砲彈擊破，因此政府軍的攻擊愈來愈猛烈，不過同盟軍還是死守城門，使得戰鬥一直持續到日落。由於戰況對同盟軍不利，因此仙台藩撤退到城外、米澤藩及城南的銃隊撤退到平城東北方四里的四倉、棚倉藩撤退到相馬方向，自此平城被政府軍攻陷。
隔日退卻的同盟軍與政府軍在四倉、廣野方面展開戰鬥，雖然同盟軍有軍艦進行艦砲射擊的援護，不過同盟軍還是被擊退，因此同盟軍再度退往浪江方面，同盟軍再度撤退後政府派出一部分的部隊前往攻擊二本松藩，本隊則準備北上攻擊中村藩。
7月14日庄內藩占領了新庄，15日奧羽越列同盟設置了公議府，可是16日三春藩脫離了同盟，並於27日向政府軍降伏，因此政府軍在三春城進行集結，在得知這項消息後28日上午二本松藩決定準備進行決戰。
二本松城攻防戰最初的炮聲是在供中口響起的，政府軍於29日早上開始進攻供中口，雖然二本松守備隊陸續增加鳴海、高根、丹羽及樽井等隊，因此政府軍決定渡過阿武隈川，不過二本松陣營趁著政府軍渡河時對著渡河中的政府軍猛烈的射擊，因此渡河部隊全滅而政府軍的渡河作戰失敗。此時二本松藩朝城東的軍事據點愛宕山集結對著政府軍諸隊猛烈的砲擊，因此政府軍也朝著愛宕山陣地開始砲擊，在雙方經歷了砲戰之後由於二本松藩缺乏砲彈，因此二本松藩開始後退，使得這裡的政府軍能繼續朝二本松城進攻。
29日早上板垣退助率領本隊進攻大壇口，政府軍使用大砲對著二本松藩的陣地一陣猛烈射擊，由於大壇口的同盟軍缺乏砲彈，因此大壇口的主力部隊--丹羽右近隊後退，使得政府軍能夠突破大壇口，在這場戰役中少年隊的隊長木村銃太郎戰死。
在大壇口、龜谷口及三森口撤退的二本松藩的部隊以二本松城的竹田御門為目標後退，到了龜谷平時二本松藩的部隊被追擊的長州藩及肥前藩等政府軍追上展開了一場肉搏戰，因此二本松藩決定派出一個小隊的援軍支援作戰。雙方在經過慘烈的肉搏戰之後政府軍突破了龜谷坂口、三森丁口和西方的鹽澤口，因此二本松藩部隊退入城內，而政府軍也展開了攻城戰。
兩面進攻的政府軍一路從竹田門、大手門、久保丁門和池ノ入門攻入城內，而另一路則是從西邊的松坂門攻入城內，此時從本宮來的增援部隊也趕到加入了攻城行列，雖然二本松藩部隊奮勇作戰，不過在中午的時候城內的戰鬥就中止了，自此二本松城被政府軍攻陷，城主丹羽長國在落城之前逃往了米澤藩了。
8月3日相馬中村藩向新政府軍派出降伏謝罪的使者，於是4日新政府軍承認相馬中村藩的降伏，新政府軍總督四條隆謌並於7日進入中村城。9日南部藩占領大館城，11日庄內藩占領橫手城，並且朝秋田開始進軍，這時新政府軍於15日時為了要攻略會津在二本松城集結。16日率領長岡藩軍的河井繼之助因為戰傷而去世，17日駐守在白河城的參謀伊地知正治率領薩摩、長州及大垣藩兵也到達了二本松城，19日榎本武揚及舊幕臣率領八艘軍艦離開江戶，同一天新政府軍開始進攻石筵口。20日新政府軍派出薩摩、佐土原、長州、大垣及大村藩進攻，備前、彥根、柳河及忍藩負責守備二本松城，舊幕府軍雖然意圖奪回二本藩城但是卻沒有獲得戰果並且石筵口也失守了，因此大鳥圭介率領二本松藩、會津藩及舊幕府軍傳習隊從豬苗代城出發支援。21日新政府軍兵分二路朝母成峠進軍，這場戰鬥最後是由新政府軍獲勝，新政府軍並在占領母成峠後開始朝著會津藩的領地進攻。22日新政府軍朝著豬苗代城進軍，於是會津藩開始朝著十六橋撤退，當新政府軍的川村純義率領的薩摩四番隊到達十六橋後開始於會津藩作戰，會津藩在此戰中被擊退，因此會津藩主松平容保在白虎二番中組的護衛下親自出馬進入滝澤本陣，而日向內記也以隊長的身分率領白虎二番中組朝著戶ノ原出陣，不過白虎隊被新政府軍所擊退，並且有半數的組員在此戰中戰死，同日黑羽藩及館林藩也朝著三斗小屋出陣。23日青龍二番寄合組、青龍四番足輕組及舊幕府第一大隊共同守備三斗小屋，不過卻被新政府軍所擊破，因此所有部隊朝著大峠撤退，白虎二番中組也因此沿著瀧澤峠、不動滝到達飯盛山自決，同日白河口的新政府軍也開始包圍會津若松城並在城下放火。24日會津藩的山川大藏率領朱雀三番寄合組從五十里朝著會津若松城前進，25日會津軍開始撤離阿賀川沿岸的要地‧津川，同日也展開會津若松城的鶴ヶ城攻防戰，26日山川大藏順利進入鶴ヶ城並被任命為城內軍事總督，同日榎本武揚艦隊的軍艦開陽到達松島。28日新政府軍的藝州藩及宇都宮藩攻擊橫川的會津藩陣地，不過會津藩在放火燒陣地後就撤退了，同時在只見川也展開了會戰，由會津藩游擊隊、白虎一番寄合組及朱雀四番士中組對上了薩摩藩及長州藩，不過會津藩仍然被擊退。29日新政府軍進入田島，因此佐川官兵衛從鶴ヶ城出擊打算到米澤藩請求援軍，不過在途中卻被新政府軍所擊退，因此到米澤藩請求援軍的計畫失敗了。30日新政府軍朝著大內進軍，會津藩在櫻山對新政府軍展開迎擊，不過會津藩卻被新政府軍所擊破，因此會津藩朝著大內峠退却。
9月1日新政府軍展開了攻勢，由肥前藩為先鋒朝著大內峠進軍，藝州藩並展開迂迴攻擊使得會津藩的本營被迫後退，因此櫪澤‧關山方面的會津藩軍也開始退却。2日新政府軍開始攻擊櫪澤並且順利攻下，同時列藩同盟在仙台青葉城展開會議，榎本武揚主張主戰論不過並沒有為各藩所接受。因此在4日米澤藩降伏，同時二本松藩藩主丹羽長國也向新政府軍送出歸順降伏的使者。5日新政府軍的彥根、柳河及肥前等藩的先鋒軍到達了若松城下，8日新政府軍正式接受二本松藩的降伏。11日會津藩及新政府軍展開了熊倉之戰，面對會津藩的三面圍攻，最後新政府軍敗給了會津藩。12日新政府軍參謀向旗下各藩隊長送出了若松城總攻擊的書狀，同日新政府軍進入了米澤城。在13日仙台藩決定降伏之後，14日新政府軍開始對若松城展開總攻擊，15日在熊倉勝利的會津藩軍轉戰一ノ堰與新政府軍對戰，16日新政府軍對鶴ヶ城發出了降伏勸告，17日轉戰一ノ堰的會津藩軍再度成功戰勝了新政府軍，同日上ノ山藩向新政府軍降伏，18日新政府軍對佐川官兵衛的本營‧高田的伊左須神社展開攻擊，因此佐川從高田退却，同日仙台藩、棚倉藩、天童藩及松村藩都對新政府軍降伏。19日板垣退助對會津藩提出在22日前開城的要求，因此20日松平容保分別派出鈴木為輔及川村三郎為使者前往土佐藩本營及派出手代木直衛門及秋月悌次郎為使者前往森台，向新政府表達願意接受新政府的降伏條件後就歸城了，21日會津藩主松平容保向藩士表達會津城開城的決心之後，就在22日開城降伏了，松平容保被送往妙國寺反省，會津藩士被送往猪苗代城反省。23日新政府軍向庄內藩要求降伏，於是在24日包含庄內藩在內，包括了盛岡藩、泉藩及平藩都向新政府軍降伏了，25南部藩也決定降伏了。26日新政府軍進入了鶴岡城，因此10月2日榎本武揚艦隊從路卷灣出港前往蝦夷，11日南部藩降伏新政府軍後東北戰爭正式結束，而戊辰戰爭的戰場也轉移到了最後的戰場--箱館，箱館戰爭也開始慢慢的要拉開了序幕。
榎本軍在宮古灣補給之後於10月19日~23日陸續到達蝦夷的內浦灣並在鷲の木海岸集結，他們的目的地是箱館，當時的箱館是貿易港，很多外國的商船都停靠在那裡，為了避免軍艦開陽及回天入港會招來混亂，因此榎本軍才會選擇將軍艦停泊在箱館內側的內浦灣。從軍艦登陸的人約有30人，他們拜訪村會所向住在村內的箱館府職員傳達榎本軍即將登陸的消息，第二天20日榎本軍陸續開始登陸，不過由於登陸時發生意外使得有16人落海溺斃，那16人被埋葬在靠近海岸的靈鷲院。登陸之後，榎本武揚用米作為擔保向當地的士紳借了軍資金約250兩。
10月21日遊擊隊的人見勝太郎及本田幸七郎率領三十多人朝著箱館出發，預備要向箱館府知事清水谷公考遞交嘆願書，而嘆願書的內容十分強硬，主要是因為榎本軍是當時日本國內最強的艦隊，而且士兵主要是由參與過戊辰戰爭的新撰組及彰義隊的精銳，再加上擁有十分充足的最新裝備的傳習隊及額兵隊總共約三千名的兵力在，榎本對於與箱館府的戰鬥十分有自信，但是當時榎本軍已經完全被當作朝敵了，與新政府的妥協之道也已經封閉起了來，因此榎本軍意圖透過交涉解決實際上十分困難。
因此雖然榎本有派人見等人進行和平交涉，不過在人見出發後翌日，榎本也命令大鳥圭介擔任隊長率領傳習隊、遊擊隊、新撰組及砲兵隊共750人跟在人見一行人後出發，另外再命令以土方歲三擔任隊長率領額兵隊及陸軍隊共400多人繞過駒ケ岳經由川汲峠朝箱館出發，最後再派古屋作久衛率領衝鋒隊出發，戰鬥主力則是峠下方面的部隊，由實戰豐富的傳習隊、遊擊隊、新撰組及砲擊的專門部隊--砲兵隊組合而成。而川汲方面的迂迴部隊則是以裝備當時最新的洋式裝備的額兵隊為中心，再加上榎本軍中指揮能力首屈一指的土方歲三擔任隊長，而且後方還有曾在信州與新政府軍戰鬥過的衝鋒隊做為掩護。這時從鷲の木有情報傳來因此得知榎本軍登陸的清水谷公孝決定出發迎擊榎本軍，清水谷派出津輕藩、備後福山藩、越前大野藩、松前藩及箱館府兵朝著峠下方面出發。
10月22日晚上箱館府軍對著在峠下村的旅館住宿的人見一行人展開砲擊，雖然突然遭到攻擊使得人見等人一時混亂，不過人見等人馬上就展開反擊，並於後方的傳習隊會合展開總攻擊，在經過數小時的戰鬥之後箱館府軍被擊退。由於在實戰經驗、士氣及裝備上的差異，因此箱館府軍的戰敗也是無可厚非的。峠下之戰結束後榎本軍就繼續朝著箱館進軍，因此在大野及七重與箱館府軍再度展開戰鬥。七重方面負責指揮箱館府軍戰鬥的是長州出身曾於久坂元瑞及高杉晉作為了國事到處奔走的箱館府權判事堀真五郎，榎本軍為了對這兩個地方展開攻擊因此將兵力一分為二，並於10月24日下午開始進行攻擊。由於箱館府軍不論是士氣或裝備都處於劣勢，再加上堀的負傷因此在放火燒毀陣地後，箱館府軍開始從戶切陣地開始撤退。同一天土方率領的別動隊也在川汲峠於箱館府軍對峙，不過這裡也因為榎本軍的奇襲而使得箱館府軍敗退。在得知各地戰敗的消息之後，身為箱館府知事的清水谷決定放棄五稜郭，並於25日搭乘普魯士的船朝著青森開始脫出。
在清水谷脫出箱館後的翌日26日，榎本軍從川汲峠進擊的部隊中擔任先鋒的一個連隊率先進入五稜郭，從峠下進擊的主力部隊則因為在峠下的七重及大野與箱館府軍戰鬥，使得他們入城的時間變遲了。在聽說部隊已經成功進入箱館的榎本命令艦隊開始進入箱館，艦隊進入箱館後考慮到有外國人住在這裡，因此入港時並沒有發砲，而且在那之後占領了倉庫。27日不知道箱館已經被榎本軍占領的秋田藩的船高雄丸進入箱館港，高雄丸一進入箱館港馬上就被榎本軍拿下了，船隻被榎本軍接收，乘組員則於後天平安的被送回本州。
尤於當時蝦夷唯一的藩是松前藩而松前藩是尊王派，與朝敵的榎本一派不可能共存，再加上松前藩二度斬殺榎本軍的使者，因此在攻下箱館之後榎本軍決定要與松前藩戰鬥，10月27日土方歲三被任命為松前攻略的總司令，彰義隊、額兵隊、陸軍隊及衝鋒隊於同日出發，而土方本人也在翌日28日出發。11月1日榎本軍在知內擊退松前藩的奇襲，翌日2日在福島與松前藩展開戰鬥，尤於松前藩的總指揮鈴木織太郎受傷，因此松前藩敗退了下來。
同時在11月1日榎本軍的軍艦「蟠龍」也到松前城進行偵察，當「蟠龍」出現在松前方面的海面時被松前城三ノ丸對著海上的七門大砲砲擊，由於當時海上的風浪很大使得「蟠龍」被擊中一發，因此「蟠龍」就此結束偵察任務。
11月5日在知內及福島戰勝因此士氣上升的榎本軍開始進行松前城攻略，由於松門藩採取在大砲射擊的瞬間打開城門，在射擊完之後馬上關閉城門的戰法，使得榎本軍感到十分困擾，在土方歲三與幹部們協議完對策之後，榎本軍決定編列一支決死隊潛伏在門的兩端，在松前藩開門的瞬間斬殺負責開關門的人，結果奇襲使得松前藩陷入混亂，因此榎本軍順利突破馬坂門。由於松前藩開始處於劣勢，因此決定捨棄松前城，並在城下町放火之後往江差撤退，因此松前有1000戶以上的民家被燒毀。
成功攻下松前城的土方歲三於11日開始為了追擊往江差方面退卻的松前軍從松前城出發，14日雙方在江差附近的大滝山展開戰鬥，由於大滝山上的山道彎彎曲曲的，因此松前軍在上坡布陣用火槍對著下坡的榎本軍開始射擊，可是榎本軍中的額兵隊隊長星恂太郎有率領一隊迂迴至更高處也使用火槍對著松前軍射擊，因此面對這突然的奇襲使得松前軍陷入混亂，因此松前軍繼續往江差退卻。
在土方為了松前攻略而朝著松前出發後約10日的11月10日，松岡四郎次郎率領著一個連隊約數百人，從稻倉石、館村方面往江差開始進軍。13日早上於松前藩在稻倉石派駐在關所的部隊展開拉鋸戰，由於松前軍大砲的彈藥不足，因此榎本軍趁隙展開突擊，因此松前軍往館城退卻。突破稻倉石的榎本軍繼續進軍，於15日早上開始對館村進行館城攻略，由於當時在館城的守備兵不到100人，因此被榎本軍輕易的攻陷了，攻下館城的榎本軍放火燒毀館城後，開始為了進軍江差開始做準備。
14日榎本軍的軍艦「開陽丸」也從箱館港出航，翌日15日到達江差附近的海上。「開陽丸」為了威嚇松前軍，因此朝著江差港附近的鷗島進行砲擊，不過江別方面卻沒有反應，再度往島上的山射擊江別方面還是沒有反應，因此「開陽丸」派出斥候登陸進行確認後，發現松前軍已經往熊石退卻了，因此「開陽丸」就在江差開始調差附水海底的狀態和氣候。可是由於當天從白天一直到晚上風浪很大，因此「開陽丸」觸礁了。11月22日箱館方面為了救出「開陽丸」而派出「回天丸」和「神速丸」到江差，不過由於海上的風浪還是很大，因此連「神速丸」都觸礁了。「開陽丸」觸礁後過了10日，「開陽丸」終於在還未發揮性能前就消失在江差的海底了。對榎本軍來說失去了擁有最大戰力的「開陽丸」，使得榎本軍的前途籠罩在一片黑暗中。
11月14日，由於各地傳來敗果的消息，因此松前藩主松前德廣一行人從江差往北退到熊石，然後再乘船逃往本州，由於當時海上氣候惡劣因此在19日晚上松前德廣失去了年僅五歲的小女兒，而原本就體弱多病的松前德廣更在22日到達津輕後因為海上太過勞累因此肺結核惡化，在29日傍晚去世，當時他才年僅25歲。在藩主離開後殘餘的450名松前兵向榎本軍投降，並表示希望能追隨藩主前往津輕，因此榎本軍將他們繳械之後便按照他們的希望用船將他們送往津輕，可是當時雙方都不知道這批松前軍在隔年居然會成為新政府軍在攻略榎本軍時的先鋒。就這樣榎本軍在鷲の木登陸後僅用一個月就達成平定蝦夷的目標，但是這時以薩長為中心的新政府軍已經開始在青森集結，準備為了來年春天進攻蝦夷而在做準備。
12月15日榎本軍成立蝦夷共和國，並進行投票選舉選出了新任總裁榎本武揚、副總裁松平太郎、海軍奉行荒井郁之助及陸軍奉行大鳥圭介。28日各國判斷日本的內戰已經結束，因此紛紛取消了局外中立的態度。
1869年2月20日新政府軍的軍艦「春日丸」進入宮古灣，25日蝦夷軍的軍艦「回天」侵入宮古灣與「春日丸」及「高尾丸」交戰，但是由於裝備有著差異在，因此隔日26日「回天」撤至青森港。
3月20日潛伏在宮古附近的偵察隊回報新政府軍的艦隊進入宮古灣，22日蝦夷軍派出三艘軍艦前往宮古灣意圖奪取新政府軍停泊在那裡的八艘軍艦，旗艦由「回天」擔任，艦隊司令是荒井郁之助，底下還有土方歲三、法國軍官尼克爾、神木隊、彰義隊及新撰組共約60人。另外派出的兩艘軍艦分別是由法國軍官克拉特帶領的彰義隊和遊擊隊共約20人的「蟠龍」，以及由法國軍官克拉休帶領的神木隊23人的「高雄」。翌日23日「回天」及「高雄」到達艦隊集結地點的南部大津港，但是「蟠龍」卻未出現，因此蝦夷軍決定靠「回天」及「高雄」前往宮古灣，可是由於「高雄」的速度比較慢，因此結果只有「回天」一艘軍艦展開奇襲。
時間推回這件事的前幾天，新政府軍正在進行軍議，陸軍參謀的黑田了介得知尚未經過證實的蝦夷艦隊正在前來宮古的情報，黑田了介為了預防萬一因此提案在附近進行哨戒，但是海軍參謀後補的石井富之助卻提出反對的意見，因此在會議中為了這件事展開激烈的爭辯，最後決定還是在附近進行哨戒。「回天」展開襲擊的25日早上，「回天」掛上美國國旗進入灣內，就在接近到「甲鐵」艦時，「回天」馬上掛回日本國旗全速衝往「甲鐵」，因此新政府軍陷入一片混亂. 就在「回天」靠在「甲鐵」旁邊強襲部隊要衝上「甲鐵」時，卻由於「回天」的甲板比「甲鐵」的甲板高出3公尺，因此一時之前蝦夷軍的強襲部隊躊躇了一會，最後還是跳到「甲鐵」的甲板開始進行強襲，可是經過一陣交戰之後不少人戰死，而且尼克爾的腳也被子彈射傷，因此荒井決定作戰中止，軍艦要脫離宮古灣。「回天」脫離宮古灣後在途中於「高雄」及「蟠龍」會合回到箱館，蝦夷艦隊在返回箱館的途中「高雄」的蒸汽機關發生故障，同時從宮古追擊出來的新政府艦隊也趕到了，因此「高雄」的乘組員將船燒毀逃到陸地上向當地的南部藩投降，因此蝦夷軍的宮古灣海戰最後是以失敗收場。
新政府軍在箱館府知事的請求之下，2月就在青森集結好兵力等待蝦夷陸地上的雪融化，並向在箱館的外國領事們做出避難的勸告。3月上旬以「甲鐵」為旗艦的新政府艦隊從品川外海出發，途中在宮古遭到蝦夷軍的奇襲(宮古灣海戰)，但是順利將其擊退，3月底到達青森。因此4月6日在「甲鐵」、「春日」、「陽春」及「丁卯」的護衛之下分別搭載著長州藩、福山藩、弘前藩、德山藩、大野藩及松前藩共1500人的「陽希號」和「歐沙卡號」從青森出發，4月9日早上新政府軍第一陣登陸乙部，乙部位在江差北方約10公里處，由於當初蝦夷軍預測新政府軍會從靠近本州的吉岡附近登陸，因此在得知新政府軍從乙部登陸後連忙要在江差進行守備的三木軍司率領一個聯隊3個小隊前往乙部迎擊。這時因為新政府軍已經登陸完畢，因此雙方展開遭遇戰，不過由於兵力及武器性能的差異，再加上「甲鐵」與「春日」在海上展開砲擊，因此蝦夷軍被擊退，新政府軍成功的為蝦夷地攻略立好了墊腳石。
在乙部村登陸完成的新政府軍在當天就兵分三路開始進軍，首先就是要攻下江差。當時身為蝦夷地經濟要所的江差是由江差奉行松岡四郎次郎指揮的一個聯隊守備，而新政府軍則是由陸海參謀山田市之充指揮的長州藩及松前藩的部隊進行攻擊。雖然蝦夷軍朝著新政府的艦隊展開砲擊，不過由於射程不足因此無法射擊到新政府的艦隊，因此松岡早早就往松前撤退了。11日松前奉行人見勝太郎和游擊隊的伊庭八郎共同率領著奪回江差的部隊出發，途中在根部田村與新政府軍的斥候遭遇並將其擊退，當晚與新政府軍的主力戰鬥也將其擊退並奪回江差南方的江良，不過這時五稜郭的本營要求他們前往木古內進行救援，因為政府軍另二路分別是往木古內及二股打算前往箱館，因此人見只好放棄奪回江差前往松前。
接獲五稜郭本營指示退到松前城的蝦夷軍在4月14日夜裡接到進軍的指令，於是蝦夷軍以彰義隊為斥候往江差進軍。但是這時新政府軍於12日第二陣、15日由黑田了介及太田黑亥太二位參謀率領的第三陣相繼從江差登陸，並且在補給完武器彈藥後就前進了，於是新政府軍在登陸後便開始追擊退卻到松前城的蝦夷軍。蝦夷軍在途中的折戶築起砲台開始進行防衛戰，但是由於新政府軍從陣地背後的山手迂迴過來攻擊，因此蝦夷軍被擊退了。17日早上在松前外海出現了由「春日」、「甲鐵」、「朝陽」、「丁卯」及「陽春」所組成的新政府軍艦隊，新政府軍艦隊並開始向松前城進行炮擊，雖然松前城的蝦夷軍以舊式大砲反擊，但是因為射程不足而無法擊中新政府軍艦隊，因此在18日全軍敗退，並開始往福島撤退。這時蝦夷軍往木古內前進與在木古內守備的部隊會合，而奪回松前的新政府軍也在20日時黑田陸軍參謀及增田海軍參謀乘船進入松前開始計畫進攻箱館的行動。
早在4月10日時從江差前往木古內的新政府軍在11日早上開始攻擊守備木古內的蝦夷軍，但是蝦夷軍在木古內築起了陣地進行守備戰，這時從五稜郭由大鳥圭介率領的援軍到達木古內，並開始攻擊新政府軍的陣地。翌日雙方激戰五小時後，新政府軍還是無法突破木古內的蝦夷軍陣地，因此之後雙方只有進行零星的戰鬥了。18日晚上大鳥因為要參加作戰會議因此返回五稜郭，而且新政府軍從江差有增援到達，因此20日新政府軍利用濃霧對蝦夷軍展開奇襲，面對突如其來的攻擊蝦夷軍陷入混亂，於是蝦夷軍往札苅村退卻，在這場戰鬥中伊庭八郎因為被新政府軍的大砲炸成重傷。戰勝的新政府軍開始進行追擊而前進到泉澤村，這時在木古內與松前之間在知內村有蝦夷軍的一部分援軍正在趕來，因此在札苅村的蝦夷軍重整好軍勢後便開始攻擊在泉澤村的新政府軍，遭到夾擊的新政府軍被迫退離木古內。蝦夷軍再度進入木古內後，在當晚大鳥從五稜郭回來並要求他們退出木古內的陣地改往茂邊地‧矢不來進行守備，雖然守軍拒絕但是在大鳥的說服之下還是答應退出木古內。得知蝦夷軍往矢不來撤退的新政府軍因此進入木古內，23日並於松前方面前來的新政府軍會合。
在4月10日土方歲三也率領著蝦夷軍到達二股並在台場山搭好本陣，並以天狗岳為前衛開始進行守備。11日下午三時從江差前來的新政府軍開始襲擊天狗岳並順利攻下此地，因此新政府軍開始往蝦夷軍位在台場山的本陣展開攻擊，在台場山因此展開激烈的槍戰。面對物資豐富、槍枝性能也較為優越的新政府軍，蝦夷軍採取挖掘陣地先讓部隊待機，等新政府軍的部隊射擊時再往看到槍枝發出的火光方向射擊的戰法，雙方交戰到隔天早上七點時，新政府軍終於被擊退，這場戰鬥蝦夷軍合計發射了三萬五千多發的子彈，蝦夷軍的士兵們的臉也被火藥弄的個個臉上都污黑了。23日晚上在增強兵力之後新政府軍再度朝台場山進行攻擊，蝦夷軍苦戰至24日終於有由瀧川充太郎率領的來自五稜郭的援軍來援，援軍到達台場山之後立即對新政府軍展開突擊，因此陷入混亂的新政府軍因此敗退，新政府軍的指揮官長州藩的駒井政五郎並且在此戰中戰死。之後重整好軍勢的新政府軍第三度為了攻破蝦夷軍的陣地而攻擊台場山，25日在天狗岳佈好陣地之後雙方展開激烈的槍戰，雖然台場山的蝦夷軍一直成功的守住陣地，不過由於29日蝦夷軍在矢不來大敗，因為害怕遭到夾擊的蝦夷軍因此退離二股口往五稜郭撤退。
往箱館前進的新政府軍這時正停滯在木古內接受武器彈藥的補給，這時大鳥圭介正指揮著蝦夷軍防衛矢不來‧茂邊地的陣地。4月29日早上為了進攻箱館的新政府軍開始出發並對矢不來‧茂邊地的蝦夷軍防衛陣地開始用鐵砲猛烈的射擊，由於新政府軍此時處於劣勢，因此援軍的新政府軍軍艦「甲鐵」及「朝陽」出現在海面上並開始對蝦夷軍的守備陣地展開射擊，蝦夷軍因此而產生動搖，在衝鋒隊的指揮官天野新太郎戰死後蝦夷軍開始崩潰，新政府軍趁機對矢不來的蝦夷軍展開攻擊，由於加上海上的軍艦艦砲射擊，因此蝦夷軍陷入苦戰，雖然有聽聞矢不來的自軍陷入苦戰而傳來的榎木的激勵話語到達矢不來，不過還是無法挽回頹勢，因此蝦夷軍放棄矢不來的陣地退到箱館附近的五重濱，晚上更是退回五稜郭，當天從二股口撤退的部隊也回到了五稜郭，因此蝦夷軍的勢力範圍只剩箱館附近了。不打算繼續追擊的新政府軍開始補給武器彈藥，準備開始展開箱館總攻擊。
5月1日島津忠鑑和西鄉隆盛以蝦夷為目標從鹿兒島出發了，這時蝦夷軍的勢力只剩五稜郭了，因此在箱館市街戰中蝦夷軍頑強的抵抗，所以新政府軍決定在11日要展開箱館總攻擊。新政府軍從三方面往箱擊進擊，箱館北側由岡山藩及福山藩負責進攻，由於事先得到新政府軍總攻擊的情報，因此構築好陣地的蝦夷軍雖然已做好準備不過還是陷入苦戰，在天亮時負責防守的蝦夷軍就被擊退，因此新政府軍朝著蝦夷軍所防守的四稜郭前進。四稜郭是蝦夷軍匆忙間建好的城郭，形狀就像張開翅膀的蝴蝶一樣，這裡是由一個聯隊及衝鋒隊所防守，指揮官是松岡四郎次郎，他們並於附近負責防守權現台場的蝦夷軍共同戰鬥。新政府軍在四稜郭遭遇到頑強的抵抗之後便轉而攻擊權現台場，權現台場是連結五稜郭和四稜郭之間重要的據點，害怕退路被斷絕的蝦夷軍因此放棄四稜郭而往五稜郭撤退。另一方面，往桔梗野台場進擊的長州藩、松前藩及津輕藩遭到蝦夷軍猛烈的射擊因此陷入苦戰，在天亮前新政府軍還是成功的將蝦夷軍擊退往龜田前進。最後沿著海岸線前往的津輕藩也在上午三時開始攻擊，這裡也因為蝦夷軍陣地的砲擊而陷入苦戰，再加上箱館港內從陸上的援護射擊擊沉了新政府軍的軍艦「朝陽」使得蝦夷軍的士氣上升，因此蝦夷軍勇敢的攻擊著新政府軍，使得新政府軍不得不暫時撤退，不過由於蝦夷軍彈藥不足，再加上指揮官春日左衛門戰死而使得攻擊停滯了下來，因此新政府軍以軍艦「丁卯」展開援護射擊再度展開攻擊，因此蝦夷軍被擊退而退往五稜郭。
榎本軍在蝦夷地登陸時擁有「開陽」、「回天」、「蟠龍」及「千代田形」等四艘軍艦，海軍戰力比新政府軍的艦隊還要強，不過旗艦「開陽」在1868年11月時在江差外海失去了，再加上新政府軍得到性能凌駕於「開陽」的軍陽「甲鐵」，雙方的海軍戰力因此而逆轉。之後1969年4月29日晚上「千代田形」在箱館的弁天台場外海觸礁，慌亂的艦長森本弘策不聽副長的制止破往了蒸汽機關和大砲後脫離了「千代田形」，但是天亮後因為漲潮而浮上的「千代田形」卻被潮水衝離了礁石在海上漂流，而被新政府軍的艦隊發現並捕獲，森本因為這件事的責任的重大壓力而發瘋，榎本武揚並將他降為士兵關入牢中，副長因為無法阻止森本的行動而感到是自己的責任也自殺了，經過這件事後榎本軍的軍艦只剩「回天」和「蟠龍」。5月3日晚上不知道是誰將箱館蝦夷軍位在弁天台場的砲台火門釘上了，由於火門是大砲內火藥點火的重要部位，因此蝦夷軍便開始修理大砲，可是隔天新政府艦隊來襲，之後蝦夷軍抓到新政府軍的間諜齋藤順三郎，於是將他綁在大砲上曝曬三天後斬首，在這件事之後蝦夷軍在箱館外海佈下了防御索和水雷以防止新政府艦隊再來進行艦砲射擊，但是不滿蝦夷軍重稅的當地居民在六日晚上割斷防禦索，因此七日新政府艦隊再度進入箱館外海。由於「蟠龍」的蒸汽機關故障無法動彈，因此只有「回天」與新政府艦隊對峙，由於「回天」的蒸氣機關被新政府艦隊所擊傷，因此「回天」便在停泊在靠近海岸的地方成為浮在海上的砲台而繼續奮戰，新政府艦隊因此撤退而於5月11日的總攻擊日再度攻入箱館外海。這時「蟠龍」已經修復完畢加入戰局，「蟠龍」靠著艦長松岡盤吉巧妙的控船忽左忽右的躲避新政府軍的砲擊，這時伊倉佐吉射擊的艦砲命中新政府軍的軍艦「朝陽」，「朝陽」因此彈藥庫起火而瞬間爆炸沉沒，但是「蟠龍」也被新政府軍的砲擊而有所損傷，之後因為彈藥用盡因此蝦夷軍放火燒毀「蟠龍」，船員也往陸上撤退。這時「回天」也因此彈藥用盡而船員撤退，「回天」落入新政府軍的手上後被放火燒毀。在戊辰戰爭結束後「蟠龍」被英國商人修理並改名為「雷電」，在明治初期被當做民間的船隻所使用。
黑田了介率領的久留米藩、松前藩、長州藩及薩摩藩在四稜郭‧權現台場之戰結束後分乘輸送船「豐安丸」及「飛龍丸」在蝦夷軍防備薄弱的箱館山內側的寒川登陸，由於箱館山的內側有險峻的斷崖，因此蝦夷軍認為新政府軍不可能在這裡登陸。新政府軍登陸後對箱館山的新撰組展開奇襲將其擊退後在山頂設置了大砲，並將砲口對準了箱館市區。由於新政府軍占據了箱館山，因此蝦夷軍的永井尚志率軍進入弁天台場進行守備，並派遣傳習士官隊及新撰組由士官隊隊長瀧川充太郎為指揮要奪回箱館山，不過蝦夷軍卻被山頂及海上的新政府軍砲擊而敗退往一本木關門，但是由於新政府軍持續的攻擊使得蝦夷軍繼續退回五稜郭。由於這時箱館市區及一本木關門被新政府占領使得五稜郭與弁天台場間的通道被封鎖，而使得弁天台場陷入孤立的狀態。為了打破這個狀態因此土方歲三率領一隊往一本木關門前進，並且在一本木關門附近與新政府軍展開戰鬥，土方在馬上激勵著士兵但是因為腹部中彈而落馬，看到這個樣子新撰組組員們將土方運到附近的小屋，土方在說了一句「對不起」之後就去世了享年35歲。這時副總裁松平太郎也率軍往一本木關門前進，好幾度對著一本木關門攻擊但是都使因此占領箱館市區而士氣上升的新政府軍所擊退。
經過5月11日新政府軍的總攻擊後，蝦夷軍除了五稜郭外就只剩千代ヶ丘台場和弁天台場兩個據點了。12日早上「甲鐵」進入箱館灣開始朝著五稜郭展開艦砲射擊，由於「甲鐵」是以五稜郭內的奉行所屋頂的望鐘樓為目標砲擊，因此五稜郭內在中彈後榎本便要求撤去望鐘樓，不過望鐘樓已被砲彈命中了。這時在奉行所內衝鋒隊正舉行著面臨最後決戰的餐宴，因為這一擊而使得包括第四列士滿隊隊長古屋作久佐衛門等數位衝鋒隊幹部死傷，古屋受了重傷在被送往箱館醫院後一個月後不治死亡，第一列士滿第二大隊隊長伊庭八郎和第三列士滿第一大隊隊長春日佐衛門當場死亡。同日薩摩的使者到達箱館醫隊探視會津游擊隊隊長諏訪常吉，並希望諏訪能代為引見與榎本進行交涉，但是諏訪以自己身受重傷而拒絕(後來諏訪因為傷重不治死亡)，而介紹在這間醫隊的高松凌雲代替自己。高松原本是留學法國的大內醫師，後來受到歐洲興起的紅十字運動感動而在榎本艦隊從品川離開時加入榎本軍，在蝦夷地登陸後就進行不論敵我的無差別治療。高松在會見他田島圭藏和黑田了介後便答應為了雙方的交涉而斡旋，而向五稜郭首弁天台場送他了降伏勸告書，14日榎本拒絕了降伏並為了怕戰火而燒毀的對日本而言重要的書《海律全書》二冊送給了高松。同日因為他田島圭藏的願望，榎本前往千代ヶ岡會見田島，他田島原本是軍艦「高雄」的艦長，去年箱館陷落後因為不知道箱館被榎本軍占領而入港因而被捕，當時由於榎本軍的人道對待將他平安無事的送往津輕，因此他對榎本非常佩服，他為了幫助榎本而拿出誠意希望榎本能夠回心轉意，不過榎本還是不願意投降因此這次的交涉是以失敗收場。在二人會見結束後，榎本將傷兵及病人送往湯の川開始準備最後的決戰。
弁天台場是由五稜郭的設計者武田菱五郎為了支援五稜郭而和五稜郭一同建造的建築物，台場中大砲約有11門，這個炮台是以箱館奉行永井尚志和新撰組的相馬主計為中心防守的。在5月11日政府軍的攻擊結束後，「蟠龍」的艦長松岡磐石和乘組員前來共同防守，但是這天的攻擊政府軍壓制了箱館市區，並將和五稜郭之間的連絡補給線給切斷，由於增加了「蟠龍」的乘組員而使得砲彈、彈藥和食物都不足，因此防守的蝦夷軍士氣下降。5月15日時弁天台場的士兵約240人投降，政府軍將投降的士兵關在砲台內一直到戊辰戰爭結束後才釋放。
在弁天台場收到降伏勸告的同時，政府軍也派了降伏使者前往會見千代ヶ岡台場的守將中島三郎助，但是被中島拒絕了，因此政府軍以長州藩的山田市之充為中心開始準備攻擊千代ヶ岡台場。另一方面，五稜郭方面希望中島等人能退入五稜郭，但是中島已將千代ヶ岡當做自己戰死的場所而拒絕了，同時在千代ヶ岡台場的中島的二個兒子中的長男恒太郎也提出退避入五稜郭的提案，也被中島給拒絕了。5月16日政府軍開始發動總攻擊，一開始雙方用大砲互相射擊，後來進入了肉搏戰，雖然中島父子拿刀奮勇作戰，但是因為兵力的差距而在這天千代ヶ岡的守軍全滅，在弁天台場和千代ヶ岡台場陷落後，蝦夷軍就只剩下五稜郭了，而在這一天由西鄉隆盛率領的援軍也從品川出發前往箱館了。
千代ヶ岡台場陷落後，半年前因為榎本軍佔領箱館而從箱館逃出的箱館府知事清水谷公孝前來視察政府軍並慰勞士兵們，當晚新政府軍海軍參謀派出軍使前去拜訪在五稜郭裡的榎本武揚，並向榎本獻上《海律全書》和五桶酒，之後向榎本表示：「如果武器彈藥不足的話，新政府軍可以補給給你們，明天決戰的時間也由榎本軍指定，然後按照那個時間進行。」，榎本回答道：「武器彈藥沒有不足，明天決戰時全員都有戰死城內的覺悟了。」，說完之後將政府軍送來的酒交給士兵們喝，一開始蝦夷軍的士兵們因為怕有毒而不敢喝，後來額兵隊隊長星恂太郎說：「不要怕會被毒殺。」後就親身試毒，證明沒有問題後士兵們就安心的喝酒了。當晚還發生了一件事，榎本原本要自殺，可是被榎本的秘書大塚霍之丞阻止了，自殺未遂的榎本在那之後與幹部召開會議決定了幹部們可以向政府軍投降而所有的責任由榎本承擔，並且將這項決議向士兵們報告。當然榎本等幹部有考慮到士兵們有可能激烈的反彈，但是實際上並沒有，這是因為政府軍送的酒影響到蝦夷軍士兵們的心理，使得他們心理產生微妙的變化。原本蝦夷軍的士兵們認為被政府軍逮捕後會被虐待，事實上奧羽戰爭時政府軍已經向士兵們下令禁止虐待俘虜，而這些事也傳進了蝦夷軍的耳裡，所以蝦夷軍的士兵們傾向降伏論。
17日早上榎本、松平、大鳥和荒井前往龜田的斥候所和政府軍的海軍參謀增田虎之助、陸軍參謀黑田了介為首的人物會談，會談一開始黑田提案邊吃東西邊談，因此在會談開始後的一小時內從外面可以聽到裡面在笑談的聲音，但是之後交涉陷入了難處。榎本等人主張以這次的責任全部由榎本和松平負擔而其他的士兵無罪為條件才願意投降，而黑田則主張無條件投降，這是考量到為了怕榎本等幹部所因此判的罪太重而無法救榎本等人的命，但是不知情的榎本等人希望能以自身的死罪換來部下們的無罪。在黑田表示「再不接受就只好堂堂正正的一決雌雄」的最後通告後，戰鬥疲累的榎本等人才願意重新提出條件之後便結束了這次的會談，結束會議後榎本等人將降伏的誓書奉納於龜田八幡宮。榎本等人回到五稜郭後就開始重新討論條件，然後由松平和新撰組的安富才介向政府軍提出，新的降伏條件是：
1.明18日上午六時至七時榎本、松平、大鳥、荒井會前往新政府的軍營。
2.下午一時至二時全體蝦夷軍退出五稜郭。
3.下午四時至五時兵器全部繳出，並將五稜郭移交給政府軍。
政府軍在會談結束之後為了表達善意，因此海軍參謀對所有艦長下達攻擊中止的命令，當晚榎本等人便在五稜郭召開惜別的酒宴。18日早上榎本等人向殘留在五稜郭的士官兵們道別後就前往了龜田的政府軍軍營提出了新的降伏條件，雙方在降書上簽字後箱館戰爭就此結束，而戊辰戰爭也完全結束了。